С 1946 Микоян - заместитель председателя Совета министров и министр внешней торговли СССР.
К концу 40-х гг. Микоян, наряду с Молотовым, оказался в угрожающем положении, ввиду готовившейся Сталиным новой «чистки». Показания против него выбивались у обвиняемых по делу "Еврейского антифашистского комитета". В 1949 снят с поста министра внешней торговли. В 1952 г. Сталин обрушился на него с нападками на пленуме ЦК после XIX съезда. Он был избран в Президиум ЦК, не был включен в бюро Президиума, заменившее Политбюро.
После смерти Сталина
Анастас Микоян на обложке журнала «Time», 16 сентября 1957На XX съезде КПСС После смерти Сталина - вновь заместитель председателя Совета ми министров и министр внутренней и внешней торговли (с сентября 1953 — министра торговли).
В острых вопросах Микоян, как всегда, занимал уклончивую позицию: так, во время обсуждения судьбы Берии он согласился со всеми обвинениями, но в то же время выразил надежду, что Берия «учтет критику». Аналогичная позиция была у него поначалу и относительно разоблачения Сталина: когда на заседании Президиума ЦК перед XX съездом в 1956 Хрущев предложил обсудить вопрос об осуждении действий Сталина, Микоян не высказался ни за, ни против. Однако во время съезда выступил фактически с антисталинской речью (хотя и не называя Сталина по имени), заявив о существовании «культа личности», подчеркнув необходимость мирного сосуществования с Западом и мирного пути к социализму, подвергнув критике труды Сталина - "Краткий курс истории ВКП(б)" и "Экономические проблемы социализма в СССР". Вслед за этим возглавил комиссию по реабилитации заключенных. На пленуме ЦК 1957 г. твердо поддержал Хрущева против группы Молотова-Маленкова-Кагановича-Шипилова, чем обеспечил себе новый взлет партийной карьеры. В то же время, его имя связано с подавлением антикоммунистических выступлений в Польше и Венгрии в 1956 г., а также с расстрелом рабочих в Новочеркасске в 1962 г., куда Микоян выехал как представитель Президиума ЦК вместе с Ф.Козловым. Сам Микоян в своих мемуарах, впрочем, всю вину за расстрел возлагает на Козлова, утверждая, что сам он сразу увидел справедливость требований рабочих и пытался мирно разрешить конфликт.
Внешнеполитическая деятельность
Хрущев уже в 1954 году поручил Микояну дипломатическую задачу: как человек, не ассоциировавшийся со сталинской внешней политикой, он был направлен в Югославию для урегулирования отношений с Тито. После 1957 г. Микоян становится одним из главных доверенных лиц Хрущева: он совершает поездку по странам Азии, в 1959 для подготовки визита Хрущева посещает США, вел переговоры на Кубе с Фиделем Кастро об установлении советско-кубинских отношений; в 1962 г. активно участвовал в урегулировании "Карибского кризиса".
Опала
С июля 1964 председателем Президиума Верховного Совета СССР. Во время октябрьского пленума пытался осторожно защищать Хрущева, подчеркивая его внешнеполитические заслуги. В результате, в ноябре 1965 г. отправлен в отставку, как достигший 70-летнего возраста и заменен на лояльного Брежневу Н. В. Подгорного. При этом получил шестой орден Ленина, оставшись членом ЦК и Президиума Верховного Совета. Выпустил книги мемуаров — "Мысли и воспоминания о Ленине" (1970), "Дорогой борьбы" (1971), "В начале двадцатых…" (1975). С 1975 не участвовал больше в работе Верховного Совета, в 1976 не принимал участия в Двадцать пятом съезде КПСС и не был переизбран в ЦК. Похоронен на Новодевичьем кладбище, что было знаком известной опалы; на его могиле есть эпитафия на армянском языке.
Микояна также, возможно, следует считать и одним из основателей советской рекламы. Как утверждает в своих мемуарах личный переводчик Сталина В. М. Бережков:
Уже стемнело, площадь освещали яркие фонари, горела пестрая реклама на крыше Политехнического музея: «Всем попробовать пора бы, как вкусны и нежны крабы», «А я ем повидло и джем», «Нужен вам гостинец в дом? Покупай донской залом». Это все идея Микояна, курировавшего также и внутреннюю торговлю. Он приглашал знаменитых поэтов придумывать броскую рекламу, наподобие Маяковского: «Нигде кроме, как в Моссельпроме».
В фольклоре
В конце 1970-х годов про Анастаса Микояна была сложена пословица: " От Ильича до Ильича без инфаркта и паралича ".
