На Первом Вселенском Никейском (325) и на Втором Вселенском Константинопольском (381) Соборах уточняются догмы о Божественности Христа и о Св. Троице. Следующая богословская проблема, которая долго и серьезно занимала Христову Церковь - вопрос о единении человеческого и Божественного во Христе. В 431 г. состоявшийся в Эфесе Третий Вселенский Собор под председательством св. Кирилла Александрийского осудил учение Нестора о двух естествах и лицах Христа.
В развернувшейся в начале VII века персо-византийской войне удача сперва сопутствовала Персии. Уже в 610 году вся Армения отошла к Персии. Персам удалось завоевать также Сирию. Палестину и другие страны. Однако в конце этой войны императору Гераклу (610-641) ценою героических усилий удалось вновь присоединить к империи свои бывшие восточные земли: Сирию, Палестину, часть Армении и т.д. В этих странах в основном проживали "монофизиты". Преследуя политические цели, император изо всех сил старался молить им, дабы в будущем Сирия, Палестина, Eгипет и Армения прочнее привязались к Византии.
На протяжении многих веков Армянская и Византийская Церкви неоднократно предпринимали попытки объединения: впервые в 654 г. в Двине при Католикосе Нерсесе III (641-661) и императоре Византии Констасе II (641-668), затем в VIII в. при Патриархе Константинопольском Германе (715-729) и Католикосе Армении Давиде I (728-741). в IX в. при Патриархе Константинопольском Фотии (858-867, 877-886) и Католикосе Захарии I (855-876). Но самая серьезная попытка объединения Церквей имела место в XII веке. В истории Армении XI век был ознаменован миграцией армянского народа на территории восточных провинций Византии. В 1080 г. правитель Горной Киликии Рубен, родственник последнего царя Армении Гагика II, присоединил к своим владениям равнинную часть Киликии и основал Киликийское армянское княжество на северо-восточном берегу Средиземного моря. В 1198 г. это княжество стало царством и просуществовало до 1375 г.
В те же годы Армянская Церковь впервые в своей истории вступила в контакты с Римской Церковью. После походов крестоносцев на Востоке возник ряд латинских княжеств, утвердились патриаршие престолы. На Иерусалимском Соборе Римской Церкви, на который был приглашен и армянский Католикос Григор III, обсуждались также богословские и обрядовые различия между Армянской и Латинской Церквами. Вернувшись в Рим, посланник Папы епископ Алперик весьма лестно отозвался перед Иннокентием и армянском Католикосе и его брате Нерсесе Шнорали.
Название Агванк в разные времена давалось различным географическим территориям. До начала V века так именовалась территория, расположенная севернее реки Куры до Дербентских ворот. В середине V века. после падения армянского царства Аршакидов края Великой Армении Утик и Арцах присоединились к данной территории, образовав Агванкское марзпанство со столицей Партав (в крае Утик). Фактически, с начала V века под названием Агванк имелась ввиду территория Агванкского марзпанства.
Первым патриархом Иерусалимской церкви был апостол Иаков. В 381 г. на Втором Вселенском Константинопольском Соборе Иерусалимское епископство возводится в ранг патриаршества. Начиная с IV в. множество армянских паломников посещают Иерусалим. Армянские нахарарски дома и епископские престолы, заботясь о постоялых дворах в Иерусалиме для паломников из числа своей паствы, строят там множество монастырей, число которых в VI веке достигло 70.
В 1113 г. в Кармир Банке (Красный Монастырь), в княжестве Кесун. находящийся при смерти Католикос Барсег представил собравшимся 20-летнего епископа Григора как своего преемника. Собор, созванный в монастыре Кармир Ванк в 1113 г. после смерти Католикоса Барсега, избрал Григора Католикосом Армении. Против такого выбора выступил епископ Ахтамара (остров на оз. Ван) Давид.
В 1441 г. престол Католикоса Всех Армян из Киликии возвращается в Св. Эчмиадзин, где находится и в настоящее время. Католикос Григор IX (1439-1441) из-за старости и болезни не смог переехать из Киликии в Эчмиадзин, однако поручил Национально-Церковному Собору, созванному в 1441 г. в Св. Эчмиадзине избрать нового Католикоса. Был избран Киракос Вирапеци (1441-1443).
в 1461 г. султан Мухаммед II Фатих основал патриархию Армян Константинополя. Поскольку центр Армянской Церкви Св. Эчмиадзин находился под властью Персии, султан намеревался, основав патриархию. через Патриаха держать под контролем армян, живущих в пределах Турецкого султаната. Первым Патриархом был избран епископ hОваким.
Первая епархия Армянской Апостольской Церкви в России образовалась в начале XVIII века (1717 г.) с епархиальным центром в г. Астрахани и называлась Астраханской епархией. В состав этой епархии входили все армянские церкви на территории Российской империи. В 1809 г. на завоеванных Россией во время русскотурецкой Балканской войны (1806-1812) территориях царским указом была основана армянская епархия Бессарабии с центром в г. Яссы. Согласно Бухарестскому мирному договору, подписанному 16 мая 1812 года, территория между реками Прут и Днестр вошла в состав Российской империи как Бессарабская губерния с центром в Кишиневе. Поскольку Яссы остались на территории Османской империи, новым епархиальным центром стал Кишинев.
