На Первом Вселенском Никейском (325) и на Втором Вселенском Константинопольском (381) Соборах уточняются догмы о Божественности Христа и о Св. Троице. Следующая богословская проблема, которая долго и серьезно занимала Христову Церковь - вопрос о единении человеческого и Божественного во Христе. В 431 г. состоявшийся в Эфесе Третий Вселенский Собор под председательством св. Кирилла Александрийского осудил учение Нестора о двух естествах и лицах Христа.
В развернувшейся в начале VII века персо-византийской войне удача сперва сопутствовала Персии. Уже в 610 году вся Армения отошла к Персии. Персам удалось завоевать также Сирию. Палестину и другие страны. Однако в конце этой войны императору Гераклу (610-641) ценою героических усилий удалось вновь присоединить к империи свои бывшие восточные земли: Сирию, Палестину, часть Армении и т.д. В этих странах в основном проживали "монофизиты". Преследуя политические цели, император изо всех сил старался молить им, дабы в будущем Сирия, Палестина, Eгипет и Армения прочнее привязались к Византии.
На протяжении многих веков Армянская и Византийская Церкви неоднократно предпринимали попытки объединения: впервые в 654 г. в Двине при Католикосе Нерсесе III (641-661) и императоре Византии Констасе II (641-668), затем в VIII в. при Патриархе Константинопольском Германе (715-729) и Католикосе Армении Давиде I (728-741). в IX в. при Патриархе Константинопольском Фотии (858-867, 877-886) и Католикосе Захарии I (855-876). Но самая серьезная попытка объединения Церквей имела место в XII веке. В истории Армении XI век был ознаменован миграцией армянского народа на территории восточных провинций Византии. В 1080 г. правитель Горной Киликии Рубен, родственник последнего царя Армении Гагика II, присоединил к своим владениям равнинную часть Киликии и основал Киликийское армянское княжество на северо-восточном берегу Средиземного моря. В 1198 г. это княжество стало царством и просуществовало до 1375 г.
В те же годы Армянская Церковь впервые в своей истории вступила в контакты с Римской Церковью. После походов крестоносцев на Востоке возник ряд латинских княжеств, утвердились патриаршие престолы. На Иерусалимском Соборе Римской Церкви, на который был приглашен и армянский Католикос Григор III, обсуждались также богословские и обрядовые различия между Армянской и Латинской Церквами. Вернувшись в Рим, посланник Папы епископ Алперик весьма лестно отозвался перед Иннокентием и армянском Католикосе и его брате Нерсесе Шнорали.
